Alimentation pour rétablir le microbiome intestinal
Rétablir le microbiome intestinal
traduction libre du livre : the gut-immune connection,
Dr Emeran Mayer, Chapitre 7 ; pp. 121-130,
juin 2021, HarperCollins Editeur.
Le changement radical de notre régime alimentaire occidental, qui a débuté avec l'essor accéléré de l'agriculture industrielle après la Seconde Guerre mondiale et a donné un accès permanent à des aliments ultra-transformés, vides de fibres, bon marché et bourrés de graisses animales, de sucre raffiné et de calories vides sur le plan nutritionnel, ainsi que nos modes de vie de plus en plus sédentaire ont tous joué un rôle central dans la progression de nombre de nos maladies chroniques.
Des recherches convaincantes placent spécifiquement les perturbations de l'intestin au centre de cette crise sanitaire. La bonne nouvelle est que nous pouvons inverser cette tendance dévastatrice en ajustant ce que nous mangeons et quand nous le faisons. Même pour ceux d'entre nous qui sont extrêmement soucieux de leur santé, il existe une nouvelle façon d'envisager notre alimentation que les tendances actuelles n'ont pas encore totalement intégrée.
Beaucoup d'entre nous se concentrent encore sur les macro- et micronutriments - glucides, protéines, graisses, vitamines et minéraux.
Je rencontre cette focalisation sur le plan professionnel dans mon travail avec les patients, bien sûr, mais aussi sur le plan personnel. En fait, je me retrouve dans une conversation récurrente sur la nutrition avec mon partenaire de randonnée et de course, Rich. Dans sa vingtaine, Rich était membre de l'équipe olympique américaine de gymnastique masculine et pratique l'escalade depuis sa jeunesse. À l'aube de ses soixante-dix ans, il est toujours aussi actif, avec une carrure athlétique que beaucoup de quadragénaires pourraient lui envier. Il y a peu de temps, il est devenu végétarien. En fait, il a pris cette décision après avoir regardé le documentaire The Game Changers[1]. Il me dit que ce changement de régime alimentaire n'a pas eu d'effet négatif sur sa force physique ou ses capacités athlétiques. Cependant, comme il s'est converti tardivement à un régime largement végétal, les choix alimentaires de Rich sont maintenant largement basés sur le souci d'obtenir suffisamment de protéines. Comme je le lui dis souvent, ainsi qu'aux patients qui ont les mêmes inquiétudes, manger suffisamment de protéines n'est pas un problème pour la plupart des gens, même pour les végétariens.
Dans le monde entier, les êtres humains consomment en moyenne environ 30 % de protéines de plus que la quantité journalière officiellement recommandée, qui est de 0,36 gramme de protéines par livre de poids corporel par jour, soit environ deux onces de protéines pures pour une personne de 150 livres, sachant que la teneur en protéines varie considérablement et qu'aucun aliment naturel n'est une protéine pure. En fait, les Nord-Américains et les Européens consomment environ deux fois cette quantité[2]. La quantité journalière recommandée est basée sur le concept de "bilan azoté nul", ce qui signifie que la quantité de protéines ingérée doit fournir la quantité d'azote naturellement perdue par l'urine, la peau et les cheveux. Pour la plupart d'entre nous qui vivons dans les pays développés - y compris mon ami Rich - il n'est pas nécessaire de s'inquiéter de la consommation de protéines ou de dépenser de l'argent pour des barres énergétiques, des shakes et des suppléments hyperprotéinés.
Malheureusement, la situation est très différente dans le monde en développement, où la dénutrition et l'apport insuffisant en protéines sont des problèmes réels ayant de graves conséquences sur la santé. Il est intéressant de noter que ce n'est pas la quantité totale de protéines qui importe, mais plutôt la source. Une étude récente dirigée par les docteurs Jiaqi Huang et Demetrius Albanes, de l'Institut national du cancer, a suivi des participants pendant seize ans et a montré que la mortalité était réduite chez ceux qui consommaient un pourcentage plus élevé de leurs protéines quotidiennes (en moyenne quinze grammes par jour) provenant de sources végétales plutôt que de sources animales[3].
L'étude a porté sur 237 036 hommes et 179 068 femmes d'un âge moyen de 62 ans. Un apport plus élevé en protéines végétales a été associé à une réduction du risque de mortalité globale, d'environ 12 à 14 % pour chaque tranche d'apport de dix grammes ou de mille calories.
L'avantage était apparent pour les maladies cardiaques et le nombre de mortalités par accident vasculaire cérébral.
La réduction de la mortalité par accident vasculaire cérébrale chez les deux sexes était indépendante de plusieurs facteurs de risque. Le remplacement de 3 % de l'énergie provenant de diverses sources de protéines animales par des protéines végétales était associé à une réduction de 10 % de la mortalité globale chez les deux sexes. Parmi les diverses sources de protéines, le remplacement des protéines d'œuf et des protéines de viande rouge par des protéines végétales a entraîné la réduction la plus prononcée de la mortalité - 24 % pour les hommes et -21 % pour les femmes. Mais la réduction de la mortalité n'est pas la seule raison pour laquelle je dis à Rich qu'il devrait réorienter son régime alimentaire sans se soucier de ne pas consommer suffisamment de protéines.
Une nouvelle perspective révolutionnaire s'est développée quant à savoir exactement qui nous nourrissons lorsque nous mangeons.
Considérez vos microbes. Si les macro- et micronutriments - graisses, protéines, glucides, vitamines et minéraux - sont essentiels, chez la grande majorité des personnes en bonne santé, ils sont tous rapidement et efficacement absorbés dans l'intestin grêle. Ils ne parviennent jamais plus loin en aval jusqu'aux microbes intestinaux, qui vivent dans l'environnement sombre et sans oxygène de notre gros intestin. Bien que le nombre de microbes augmente au fur et à mesure que l'on descend dans l'intestin grêle, du duodénum au jéjunum puis à l'iléon, la plus grande population vit dans le gros intestin.
Jusqu'à récemment, la plupart des recherches en nutrition se sont concentrées sur l'absorption des nutriments dans l'intestin grêle, tandis que le microbiote intestinal du gros intestin a été largement ignoré.
C'est pourquoi on ne nous a pas conseillé jusqu'à récemment de manger davantage d'aliments de faible densité calorique contenant des composants non digestibles, tels que les fibres présentes dans la plupart des fruits et légumes. Ces fibres ne peuvent pas être décomposées par nos propres enzymes dans l'intestin grêle et ne peuvent donc pas être absorbées rapidement, ce qui leur permet de voyager jusqu'aux zones les plus peuplées et les plus diversifiées sur le plan microbien de notre gros intestin.
Cette nouvelle stratégie alimentaire, qui consiste à donner la priorité à vos microbes, est non seulement bénéfique pour la santé de l'intestin et du microbiome, mais aussi, comme nous le dit la science des réseaux, pour le bon fonctionnement de tous les organes, y compris le cerveau.
Cette partie non absorbable de notre alimentation est cruciale pour notre santé dès notre arrivée au monde. De nombreux experts recommandent aux nouvelles mères d'allaiter en raison des graisses et des calories bénéfiques contenues dans le lait maternel, mais c'est en fait la partie non absorbable du lait qui est la plus bénéfique pour le réseau cerveau-intestin-microbiome en développement du nourrisson[4].
Certains glucides complexes appelés oligosaccharides du lait humain (human milk oligosaccharides : HMO) sont trop gros pour être absorbés dans l'intestin grêle. Les bébés ne possèdent même pas l'enzyme nécessaire pour digérer les oligosaccharides, car ils sont destinés uniquement à l'écosystème microbien intestinal en développement dans le côlon du bébé[5]. C'est là qu'ils jouent un rôle essentiel dans la coordination de l'assemblage d'un microbiome sain.
Comme l'a fait remarquer un jour à Michael Pollan, J. Bruce German, le regretté chercheur en sciences de l'alimentation de l'université de Californie à Davis, "le lait maternel ... nous dit que lorsque la sélection naturelle crée un aliment, elle ne se préoccupe pas seulement de nourrir l'enfant, mais aussi les microbes intestinaux de l'enfant"[6].
Quel est le régime optimal pour nourrir nos microbes intestinaux ?
Bien que la science de la nutrition soit en constante évolution, une méta-analyse récemment publiée dans le British Medical Journal offre un aperçu utile. Les auteurs de l'étude ont comparé les résultats de quatorze programmes de régime populaires pour la perte de poids et la réduction du risque cardiovasculaire, en les divisant en trois catégories :
Faible teneur en graisses (comme le régime Ornish),
faible teneur en glucides (Atkins, South Beach, The Zone)
Macronutriments modérés (dont Jenny Craig, Weight Watchers et le régime méditerranéen). Ils ont ensuite examiné les résultats à six mois et à douze mois[7]. La plupart des régimes ont permis une amélioration substantielle des facteurs de risque cardiovasculaire, en particulier de la tension artérielle, ainsi qu'une perte de poids modeste au bout de six mois.
Au bout de douze mois, ces effets avaient largement disparu pour tous les programmes populaires, à l'exception du régime méditerranéen.
La plupart des effets positifs d'un régime alimentaire s'estompent avec le temps en raison de la diminution de l'observance, mais ce n'était pas le cas du régime méditerranéen.
Seul ce régime largement végétal était à la fois satisfaisant pour les humains et nourrissant pour les microbes qui nous habitent.
Il y avait une différence statistiquement significative au bout de douze mois en termes de perte de poids et d'amélioration des facteurs de risque cardiovasculaire, notamment une réduction du cholestérol à lipoprotéines de basse densité (LDL), le "mauvais" cholestérol.
Au lieu de se préoccuper des protéines, des glucides et des graisses, il est clair que nous serions mieux servis en nous concentrant sur les besoins longtemps négligés de notre population microbienne invisible.
Pour les adultes, cela signifie consommer des fibres alimentaires non absorbables, des polyphénols, des composants alimentaires anti-inflammatoires d'origine végétale et d'autres grosses molécules qui font partie d'un régime à base de plantes. Toutes ces molécules ne peuvent être métabolisées, c'est-à-dire décomposées en molécules plus petites, que par la machinerie biochimique actionnée par divers microbes intestinaux à l'extrémité de notre intestin grêle et surtout dans le gros intestin.
Ce processus produit des centaines de milliers de métabolites, qui soutiennent de manière bénéfique chaque partie du l’axe cerveau – microbiome – intestins
en agissant directement sur les cellules nerveuses, immunitaires et endocrines de l'intestin, ainsi que sur les voies nerveuses du nerf vague entre l'intestin et le cerveau.
Ces molécules peuvent agir localement sur l'intestin ou être absorbées pour atteindre le cerveau et d'autres organes par la circulation sanguine. Un grand nombre de ces métabolites ont été identifiés et d'intenses efforts de recherche sont en cours pour constituer d'énormes bases de données d'informations biochimiques sur ces molécules dans l'espoir d'identifier de nouveaux mécanismes pathologiques et de nouveaux traitements pour l'obésité, la dépression, la maladie d'Alzheimer, la maladie de Parkinson et d'autres maladies. La double évolution de notre alimentation et du réseau cerveau-intestin-microbiome, tout comme nos niveaux et types de stress actuels ont rendu inadapté notre système séculaire de réaction de combat ou de fuite au cours des soixante-quinze dernières années, un problème similaire s'est produit dans l'évolution de notre réseau cerveau – microbiome – intestins. Nos habitudes alimentaires et le réseau cerveau – microbiome – intestins ont coévolués. Jusqu'à récemment, les changements alimentaires se sont produits assez lentement pour donner au tube digestif et au cerveau humain suffisamment de temps pour ajuster leur structure et leur fonction.
Le "temps suffisant" pour ces adaptations génétiques mutuelles est d'environ dix mille à trente mille ans. Elles se sont produites lentement mais sûrement au cours de notre évolution, depuis le régime alimentaire des premiers hominidés chasseurs-cueilleurs il y a des millions d'années, jusqu'à l'utilisation du feu pour cuire les aliments il y a plusieurs centaines de milliers d'années, en passant par la révolution agraire qui a marqué le début de l'âge néolithique il y a douze mille ans, lorsque nous sommes passés de la recherche de nourriture à l'agriculture.
L'évolution de notre corps et des microbes qui nous habitent s'est poursuivie de manière plus ou moins synchronisée jusqu'à l'arrivée de l'industrialisation au XIXe siècle, qui a introduit la première vague d'aliments transformés[8].
Il y a au moins deux millions d'années, la culture du chasseur-cueilleur s'est développée chez les premiers humains d'Afrique. Comme leurs cousins primates non humains, ces premiers ancêtres avaient un petit cerveau (nécessitant moins d'énergie) et de gros intestins remplis de billions de microbes, ce qui leur permettait de décomposer et d'absorber de grandes quantités de composants alimentaires autrement indigestes. Leur système digestif était adapté de manière optimale à leur environnement, extrayant de l'énergie des molécules de fibres des plantes ainsi que du reste des aliments végétaux et de la viande. Ces chasseurs-cueilleurs omnivores consommaient également beaucoup de protéines animales ; ils tuaient les animaux au lieu de se débarrasser de la viande laissée par d'autres prédateurs. Mais ils mangeaient aussi diverses herbes, tubercules, fruits, graines et noix. En fait, l'examen d'un site de peuplement humain en Israël datant d'il y a près de 800 000 ans a révélé des restes de 55 plantes alimentaires différentes, ainsi que des preuves que le poisson faisait partie du régime alimentaire[9].
Il y a quelque temps, entre 800 000 et 300 000 ans, les humains ont commencé à cuisiner leurs aliments. Cela a provoqué une telle révolution dans notre façon de manger que John B. Furness, professeur à l'université de Melbourne et pionnier de l'étude du système nerveux entérique et du connectome intestinal, a inventé le terme cucinivore pour distinguer les nouvelles habitudes alimentaires de cette époque de celles des omnivores précédents[10]. Quelques-unes de ces sociétés de chasseurs-cueilleurs prénéolithiques existent encore aujourd'hui, notamment les San (anciennement appelés Bushmen) d'Afrique du Sud, les Sentinelles des îles Andaman dans le golfe du Bengale, les Hadza d'Afrique de l'Est et les Yanomami du cours supérieur de l'Orénoque.
La cuisine a non seulement changé notre forme et notre style d'alimentation, ce qui a modifié les comportements sociaux, en rassemblant les gens autour du merveilleux feu, mais elle a également introduit des changements spectaculaires dans la structure et la fonction de l’axe cerveau – microbiome – intestins. Bien que les "aliments transformés", en particulier ceux contenant des émulsifiants, du fructose, des édulcorants artificiels et du gluten ajouté, soient considérés comme les méchants des temps modernes.
La signification originale de ce terme fait référence à la période où les humains ont commencé à cuisiner et à stocker les aliments. L'aliment transformé original est l'une des inventions les plus révolutionnaires de l'humanité. Avant elle, les chasseurs-cueilleurs devaient paître presque continuellement afin de consommer suffisamment de calories pour fonctionner. Cependant, avec l'avènement de la cuisine, les humains ont pu absorber plus de calories plus rapidement, car les aliments étaient désormais plus faciles à mâcher, à digérer et à absorber dans l'intestin grêle.
L'augmentation de l'apport énergétique a entraîné une évolution plus rapide du cerveau, tandis que le gros intestin, qui n'était plus indispensable pour fermenter de grandes quantités d'aliments non transformés et les convertir en calories absorbables, est devenu plus petit.
Une fois que les humains ont été capables de transformer et de conserver les aliments, un certain nombre de sources de nutriments majeurs sont devenues plus facilement accessibles. L'exemple le plus évident est celui des céréales, que nous avons commencé à cultiver et à faire pousser, ce qui en a fait une source alimentaire courante, il y a au moins dix mille ans. Même si l'homme recherchait des précurseurs de céréales anciennes poussant naturellement il y a au moins 45 000 ans, ils ne constituaient pas une source alimentaire viable pour répondre aux besoins caloriques croissants des premiers humains, car tous les mammifères ne possèdent pas les enzymes nécessaires pour décomposer l'amidon des céréales non transformées. Nombreux sont ceux qui n'ont jamais entendu parler du blé einkorn, du blé dinkel (épeautre), du boulgour, du farro, du blé emmer, du sarrasin ou du blé khorasan (aujourd'hui connu sous le nom de Kamut) et la plupart ne mangent que rarement des plats à base de millet ou de sorgho.
Par rapport aux céréales modernes, toutes ces céréales anciennes contiennent plus de grosses molécules de sucre complexes - les glucides accessibles au microbiote qui nourrissent nos microbes intestinaux - et moins de glucides simples, qui sont facilement absorbés par l'intestin grêle[11].
Afin de conserver les aliments plus longtemps, les humains ont appris à contrôler la fermentation, un processus anaérobie (sans oxygène) dans lequel divers micro-organismes bénins vivent dans les aliments et empêchent la croissance des bactéries de décomposition. Cette première méthode de conservation s'est avérée présenter des avantages inattendus pour la santé, tels que l'augmentation des bactéries bénéfiques naturelles présentes dans les aliments et, lorsqu'elles sont ingérées régulièrement et en quantités suffisantes, la diversité et la richesse du microbiote intestinal. En fait, les adaptations de notre microbiome intestinal aux aliments naturellement fermentés constituent un argument de poids en faveur de la consommation d'aliments naturellement fermentés aujourd'hui.
La plupart des animaux sont confinés à une gamme étroite de régimes alimentaires basés sur une physiologie déterminée génétiquement. Les vaches doivent manger des plantes fibreuses à faible teneur en protéines. Les chats sont des carnivores obligatoires, ce qui signifie qu'ils ne peuvent digérer que la viande (bien qu'ils mâchent de l'herbe, peut-être pour nettoyer leurs intestins ou pour l'acide folique). Les koalas ne mangent que des feuilles d'eucalyptus. Les humains, en revanche, peuvent manger une grande variété de sources d'énergie.
En élargissant notre répertoire alimentaire par la conservation et la cuisine, nous avons non seulement diversifié ce que nous mangeons, mais aussi induit plus de souplesse digestive. Peut-être le plus important, le temps partagé autour du foyer pour cuisiner, manger et parler a favorisé une interaction sociale, une coopération et un développement du cerveau accru. Cependant, au cours des 75 dernières années environ, nous avons développé d'autres méthodes de transformation, avec des aliments ultra-transformés, chargés d'une quantité sans précédent de sucre (y compris de nouvelles formes, telles que le sirop de maïs à haute teneur en fructose), des conservateurs, arômes artificiels, émulsifiants et gluten ajouté, pour n'en nommer que quelques-uns. Ces changements se sont produits parallèlement à de nouvelles méthodes de cuisson et de conservation, telles que la stérilisation à la chaleur, les micro-ondes, la réfrigération et l'irradiation, qui peuvent toutes affecter l'abondance des microbes associés aux aliments.
Considérons par exemple les céréales anciennes, qui ont introduit des glucides bénéfiques et accessibles au microbiote, un véritable festin pour nos microbes. Mais maintenant, pas plus tard qu'hier dans le temps de l'évolution, nous avons commencé à sélectionner génétiquement et à transformer hautement ces grains, les rendant largement et commercialement disponibles, mais réduisant considérablement leur diversité tout en éliminant la plupart de leurs fibres indigestes et en réduisant leur teneur en micronutriments. Ces céréales ultra-transformées, qui auraient été méconnaissables pour nos ancêtres, représentent aujourd'hui environ 70% de l'apport alimentaire dans les sociétés modernes. Dans le régime alimentaire américain moyen d'aujourd'hui, on estime que 78 % de l'apport énergétique alimentaire total, soit environ 1 000 calories par jour, provient d'aliments modérément transformés ou ultra-transformés dérivés d'un nombre de plus en plus petit d'espèces végétales. Ce changement brutal de notre alimentation, combiné aux changements structurels graduels de notre réseau Cerveau – Microbes – intestins : nos voies gastro-intestinales et nos côlons plus courts - a créé l'inadéquation actuelle dommageable entre ce que nous mangeons et la façon dont notre corps y réagit.
Aujourd'hui, la taille totale du tractus gastro-intestinal humain (de la bouche à l’anus) par rapport au poids corporel est d'environ la moitié de sa taille comparée à d'autres espèces de mammifères[12]. Plus important encore, le côlon ne représente que 20 % du volume total du tube digestif, alors que chez nos cousins primates il était d'environ 50 %, permettant une extraction d'énergie sensiblement plus élevée, par fermentation des fibres végétales et leur transformation en acides gras à chaîne courte absorbables. — ne représente que 6 à 9 % de l'extraction d'énergie, contre jusqu'à 50 % chez d'autres mammifères, tels que les chevaux. En fin de compte, ce changement a abouti au fait étonnant que les billions de microbes intestinaux dans le côlon humain sont devenus inutiles pour tirer de l'énergie des aliments. Ce changement radical - faisant de l'intestin grêle proximal le principal site de récolte d'énergie dans notre corps - a eu des conséquences majeures sur la composition et la richesse de notre écosystème microbien intestinal, qui s'est rapidement adapté au changement des habitudes alimentaires. Les changements de notre intestin et de son microbiome étaient clairement un développement évolutif adaptatif pour les humains en réponse à l'invention de la cuisine.
Avec l'introduction des aliments ultra-transformés, nous avons poussé cette adaptation au-delà de ses limites, et nous en payons maintenant le prix. Avec nos changements alimentaires relativement récents, nous avons atteint un point où ce qui était autrefois bon pour nos ancêtres ne l'est plus pour nous. L'évolution récente de cette dynamique de réseau s'apparente aux changements provoqués par un grand barrage sur les écosystèmes reliés au fleuve. Avant la construction du barrage Hoover, l'eau, le poisson et l'énergie du fleuve Colorado étaient partagés par des personnes et des entreprises tout au long de celui-ci, des montagnes Rocheuses du Colorado à son delta au nord-ouest du Mexique. Le gouvernement américain a construit le barrage pour produire de l'hydroélectricité et fournir de l'électricité aux États occidentaux. Cependant, la réduction du débit en aval a depuis diminué la production agricole de la vallée du Colorado en Arizona, en Californie et au Mexique, appauvrissant les villages qui en dépendent.
De manière analogue, la majeure partie de notre alimentation ultra-transformée est absorbée dans l'intestin grêle, et le filet de composants alimentaires non digérés qui parvient jusqu'au "delta" de notre gros intestin ne peut pas nourrir beaucoup de microbes. L'ensemble de l'écosystème en souffre. Nos microbes sont obligés de se tourner vers une autre source de grosses molécules, comme les molécules de sucre qui composent la couche de mucus de notre intestin, ce qui érode la barrière (Intestins perméables) et crée des perturbations dans tout le réseau cerveau-microbes-intestins. Si la découverte des premiers procédés de transformation des aliments et l'élargissement progressif de nos choix alimentaires qui en a résulté ont joué un rôle important dans notre évolution biologique et culturelle, les changements spectaculaires et sans précédent de notre approvisionnement alimentaire résultant de l'industrialisation accélérée de l'agriculture nous ont involontairement conduits vers la crise sanitaire que nous connaissons aujourd'hui. La question que l'on me pose fréquemment est de savoir s'il y a des moyens pour renverser la tendance.
Je fais suite en répondant à sa question en vous invitant à réviser ce qu’est le régime méditerranéen en effectuant une recherche google ou en empruntant un livre de recettes à la bibliothèque, qui vous incitera à doubler votre variété de végétaux au quotidien.
Voici, tirés de ma conférence sur la flore microbienne, les 3 groupes d’aliments qu’aiment manger les microorganismes avec lesquels l’on vit le mieux :
1. Glycans, gommes, lécithines, vitamines a,d,e,k. amidons, gras et petits poissons entiers, mucilages, pectines, abas, moelle et cartilages des animaux
Huiles première pression à froid, amidons des grains qui donne une gélatine quand cuit ; pectines, moelle, bouillons, viande d’abats : cœurs, foies, rognons, etc. Petits poissons (foie de morue, hareng, sardine, maquereaux)
2. Sucres produits par d’autres microorganismes :
vinaigres de cidre, levain du pain, yogourts, kéfir, fermentation lactique de végétaux, fermentations de légumineuse (miso, tamari, tempeh, koji, nato) etc.
3. Le monde des végétaux ;
Choisir des aliments entiers : les fibres sont la structure des végétaux, ce que le squelette est la structure pour l’animal. Les fibres sont dans l’enveloppe des graines et la chair.
Légumes et fruits entiers
Grains et céréales entiers trempés si possible
Noix entières trempées si possible
Racines (tubercules) ; cèleri rave, panais, betteraves, patate douce, patates complètes, chicorée, inuline, etc.
Légumineuses
[1] Film complet sur you tube The Game Changers, V.O stf www.youtube.com/watch?v=-LZnZSTes_Y
[2] Chana Davis, “How Much Protein Do I Need?” https://medium.com/@chanapdavis/how-much-protein-do-you-need-37143cb0d499.
[3] Jiaqui Huang et al., “Association between Plant and Animal Protein Intake and Overall and Cause-Specific Mortality,” JAMA Internal Medicine 180, no. 9 (Sept. 1, 2020): 1173–84, doi: 10.1001/jamainternmed.2020.2790.
[4] Katríona E. Lyons et al., “Breast Milk, a Source of Beneficial Microbes and Associated Benefits for Infant Health,” Nutrients 12, no. 4 (Apr. 2020): article 1039, doi: 10.3390/nu12041039, PubMed PMID: 32283875.
[5] Šárka Musilová et al., “Beneficial Effects of Human Milk Oligosaccharides on Gut Microbiota,” Beneficial Microbes 5, no. 3 (Sept. 2014): 273–83, doi: 10.3920/bm2013.0080, PubMed PMID: 24913838.
[6] Michael Pollan, “Some of My Best Friends Are Germs,” New York Times Magazine, May 15, 2013, https://www.nytimes.com/2013/05/19/magazine/say-hello-to-the-100-trillion-bacteria-that-make-up-your-microbiome.html.
[7] Long Ge et al., “Comparison of Dietary Macronutrient Patterns of 14 Popular Named Dietary Programmes for Weight and Cardiovascular Risk Factor Reduction In Adults: Systematic Review and Network Meta-Analysis of Randomised Trials,” British Medical Journal 369 (2020): m696, doi: 10.1136/bmj.m696.
[8] John B. Furness and David M. Bravo, “Humans as Cucinivores: Comparisons with Other Species,” Journal of Comparative Physiology B 185, no. 8 (Dec. 2015): 1–10, doi: 10.1007/s00360-015-0919-3.
[9] D. Rosenberg and F. Klimscha, “Prehistoric Dining at Tel Tsaf,” Biblical Archaeological Review 44, no. 4 (July/August 2018).
[10] Ibid 8
[11] Erica D. Sonnenburg and Justin L. Sonnenburg, “Starving Our Microbial Self: The Deleterious Consequences of a Diet Deficient in Microbiota-Accessible Carbohydrates,” Cell Metabolism 20, no. 5 (Aug. 2014): 779–86, doi: 10.1016/j.cmet.2014.07.003, PubMed PMID: 25156449.
[12] David Klurfeld et al., “Considerations for Best Practices in Studies of Fiber or Other Dietary Components and the Intestinal Microbiome,” American Journal of Physiology—Endocrinology and Metabolism 315, no. 6 (Aug. 2018): E1087–E1097, doi: 10.1152/ajpendo.00058.2018.