Rencontrez les milliards de virus qui composent votre virome

Chaque surface de notre corps - à l'intérieur comme à l'extérieur - est couverte de micro-organismes: bactéries, virus, champignons et de nombreuses autres formes de vie microscopiques. vrx / Shutterstock.com

Traduction libre de l’article par

David Pride, Directeur associé de la microbiologie, Université de Californie à San Diego

Chandrabali Ghose, Chercheur invité, Université Rockefeller

Source : https://theconversation.com/meet-the-trillions-of-viruses-that-make-up-your-virome-104105

Déclaration de divulgation
Les auteurs ne travaillent pas, ne consultent pas, ne détiennent pas d'actions ou ne reçoivent de financement d'aucune société ou organisation qui bénéficierait de cet article, et n'ont divulgué aucune affiliation pertinente au-delà de leur nomination universitaire.

Si vous pensez ne pas avoir de virus, détrompez-vous.

Cela peut être difficile à comprendre, mais le corps humain est occupé par de grandes collections de micro-organismes, communément appelés notre microbiome, qui ont évolué avec nous depuis les débuts de l'homme. Les scientifiques n'ont commencé que récemment à quantifier le microbiome et ont découvert qu'il était habité par au moins 38 billions de bactéries. Plus intriguant, peut-être, c'est que les bactéries ne sont pas les microbes les plus abondants qui vivent dans et sur notre corps. Ce prix est attribué aux virus!

Virus bactériophages attachés à une paroi cellulaire bactérienne

Il a été estimé qu'il y a plus de 380 billions de virus qui nous habitent, une communauté connue collectivement sous le nom de Virome humain. Mais ces virus ne sont pas les virus dangereux dont vous entendez souvent parler, comme ceux qui causent la grippe ou le rhume, ou des infections plus sinistres comme Ebola ou la dengue. Beaucoup de ces virus infectent les bactéries qui vivent à l'intérieur de vous et sont connus sous le nom de bactériophages, ou phages en abrégé. Le corps humain est un terreau fertile pour les phages, et malgré leur abondance, nous avons très peu d'informations sur ce que font eux-mêmes ou l'un des autres virus du corps.

Je suis un médecin-scientifique qui étudie le microbiome humain en me concentrant sur les virus, car je crois que l’exploitation du pouvoir des prédateurs naturels ultimes des bactéries nous apprendra comment prévenir et combattre les infections bactériennes. On pourrait à juste titre supposer que si les virus sont les microbes les plus abondants dans le corps, ils seraient la cible de la majorité des études sur le microbiome humain. Mais cette hypothèse serait horriblement fausse. L'étude du virome humain est tellement en retard par rapport à l'étude des bactéries que nous découvrons tout juste quelques-unes de leurs caractéristiques les plus fondamentales. Ce retard est dû au fait qu'il a fallu beaucoup plus de temps aux scientifiques pour reconnaître la présence d'un virome humain et au manque d'outils standardisés et sophistiqués pour déchiffrer ce qui se trouve réellement dans votre virome.

Le 411 sur le virome
Voici quelques-unes des choses que nous avons apprises jusqu'à présent. Les bactéries du corps humain ne sont pas amoureuses de leurs nombreux phages qui vivent à l'intérieur et autour d'elles. En fait, ils ont développé des systèmes CRISPR-Cas - que les humains ont maintenant cooptés pour éditer les gènes - pour se débarrasser des phages ou pour prévenir complètement les infections par phages. Pourquoi? Parce que les phages tuent les bactéries. Ils prennent le contrôle de la machinerie des bactéries et les forcent à fabriquer plus de phages plutôt que de fabriquer plus de bactéries. Quand ils ont terminé, ils jaillissent de la bactérie, la détruisant. Enfin, les phages reposent sur nos surfaces corporelles en attendant de croiser des bactéries vulnérables.

Ce sont essentiellement des harceleurs de bactéries.

Un virus appelé bactériophage infecte les bactéries et insère son matériel génétique dans la cellule. La bactérie «lit» les instructions génétiques et fabrique davantage de virus qui détruisent la bactérie à sa sortie de la cellule. Guido4, CC BY

Il est clair qu’une guerre se déroule sur nos surfaces corporelles chaque minute de chaque jour, et nous ne savons pas qui est le vainqueur ni quelles pourraient être les conséquences de cette guerre.

Les virus peuvent habiter toutes les surfaces à l'intérieur et à l'extérieur du corps. Partout où les chercheurs ont regardé dans le corps humain, des virus ont été découverts. Des virus dans le sang? Vérifier. Des virus sur la peau? Vérifier. Des virus dans les poumons? Vérifier. Des virus dans l'urine? Vérifier. Etc. Pour dire les choses simplement, quand il s'agit de savoir où vivent les virus dans le corps humain, il est bien plus judicieux de déterminer où ils ne vivent pas que de se demander où ils vivent.

Les virus sont contagieux. Mais nous ne pensons souvent pas que les virus bactériens sont faciles à partager. Les chercheurs ont montré que le simple fait de vivre avec quelqu'un entraînerait un partage rapide des virus dans votre corps. Si nous ne savons pas quelles sont les conséquences de la bataille constante entre bactéries et virus dans notre corps, alors cela devient exponentiellement plus compliqué compte tenu de la bataille entre vos bactéries et leurs virus qui sont ensuite partagées avec tout le monde, y compris votre conjoint, votre colocataire, et même votre chien.

Les virus nous gardent en bonne santé?

Les virus détruisent la bactérie lorsqu'ils sortent de la cellule. Ici, les cercles clairs révèlent où le bactériophage a tué les bactéries. Guido4 / Shutterstock.com

En fin de compte, nous devons savoir ce que font tous ces virus dans le corps humain et déterminer si nous pouvons profiter de notre virome pour promouvoir notre santé. À ce stade, il n’est pas clair en quoi notre virome peut-être utile.

Cela peut sembler contre-intuitif, mais nuire à nos bactéries peut être nocif pour notre santé.

Par exemple, lorsque nos communautés bactériennes saines sont perturbées par l'utilisation d'antibiotiques, d'autres microbes, également appelés agents pathogènes, profitent de l'occasion pour envahir notre corps et nous rendre malades. Ainsi, dans un certain nombre de conditions humaines, nos bactéries saines jouent un rôle important dans la prévention de l'intrusion d'agents pathogènes. Voici où les virus entrent en jeu. Ils ont déjà compris comment tuer les bactéries. C'est tout ce pour quoi ils vivent.

La course est donc lancée pour trouver ces virus dans nos viromes qui ont déjà compris comment nous protéger des méchants, tout en laissant intactes les bonnes bactéries. En effet, il existe des exemples anecdotiques récents utilisant avec succès des phages pour traiter des infections potentiellement mortelles causées par des bactéries résistantes à la plupart sinon à tous les antibiotiques disponibles - un traitement connu sous le nom de phage thérapie. Malheureusement, ces traitements sont et continueront d'être entravés par des informations insuffisantes sur le comportement des phages dans le corps humain et les conséquences imprévues que leur introduction peut avoir sur l'hôte humain. Ainsi, la phagothérapie reste fortement réglementée. Au rythme actuel de la recherche, il peut s'écouler de nombreuses années avant que les phages ne soient utilisés en routine comme traitements anti-infectieux. Mais ne vous y trompez pas; les virus qui évoluent avec nous depuis tant d'années ne font pas seulement partie de notre passé, mais joueront un rôle important dans l'avenir de la santé humaine.